Основные направления работы отдела:

· Формирование проекта Сводного плана проверок организаций, подведомственных Минобрнауки России, а также осуществление внесения изменений в него;

· Осуществление контроля за ходом выполнения Сводного плана проверок организаций, подведомственных Минобрнауки России;

· Подготовка сводной и оперативной отчетности о результатах контрольных мероприятий, проводимых Минобрнауки России, и осуществление её анализа;

· Организация работы Комиссии по оперативному рассмотрению результатов контрольных мероприятий Минобрнауки России;

· Участие в комплексных, тематических и контрольных проверках, осуществляемых Минобрнауки России, как в плановом, так и внеплановом порядке;

· Подготовка писем с анализом наиболее существенных и характерных нарушений и рекомендациями по их предотвращению в дальнейшей деятельности.